浙江省舟山海洋生态环境监测站已与中科院海洋研究所、中国海洋大学等海洋科研院所建立了长期的合作关系，聘请了原中科院海洋所所长周名江研究员、现中科院海洋所所长助理宋金明博士作为我站的技术顾问，并输送了一大批技术骨干进行学习交流。目前中科院海洋研究所与浙江省舟山海洋生态环境监测站研究生联合培养基地即将挂牌运作。1994年与英国、荷兰合作了世行资助项目《杭州湾环境研究》项目，1997年以来一直与韩国国立水产研究院进行《中韩黄海环境联合调查》项目。与世界上环境保护和环境监测技术先进的发达国家和地区有较广泛的学术联系和技术交流，向英国、德国、台湾派遣人员进行交流培训，学习和掌握了国内外的先进环境监测技术。