浙江省舟山海洋生态环境监测站是1987年由国家环保局和浙江省人民政府批准在原舟山市环境监测站的基础上建立的，是全国环保系统目前唯一的专业海洋生态环境监测一级站。本站具有独立法人资格，行政上隶属浙江省环境保护局和舟山市人民政府的领导，业务上受中国环境监测总站和浙江省环保厅指导，是具有技术监督管理职能的社会公益性事业单位。1994年国家环保局组建近岸海域环境监测网，舟山海洋生态站任组长单位。1997年6月国家环保总局在本站挂牌 “国家环保总局近岸海域环境监测网中心站”， 2002年6月调整为“中国环境监测总站近岸海域环境监测中心站”， 是全国近岸海域环境监测网络的技术中心、信息中心和管理中心。2002年省环保局批复设立浙江省海洋生态环境科学研究所。

本站占地7.8亩，办公、实验楼总建筑面积3000余平方米，实验室配置有高效液相色谱、气相色谱-质谱联用仪、原子吸收分光光度计、有机碳分析仪、荧光生物显微镜等大型仪器。本站还拥有一艘专业性海洋生态环境综合考察监测船，船上配有基本的通讯、导航设备和3个海洋环境调查监测实验室。配备一辆环境应急监测车,车上配有大气自动监测系统、气象系统、便携式气相色谱仪、多参数水质监测仪、辐射监测仪、应急监测箱及应急数据传输系统。

1996年本站通过国家级计量认证，并于2001年、2006年通过计量认证复审，2005、2008年通过扩项监督评审，监测工作质量管理体系完善。开展的监测项目包括水（含大气降水）和废水，环境空气和废气，土壤、底质、固体废弃物，噪声，海洋水文，海水、海洋沉积物、海洋生物，生物体残毒和赤潮生物等多种环境要素的222项目326个参数。从事海洋环境监测工作十多年来，经历了由小到大、由弱到强的发展过程，海洋生态环境监测技术手段和技术力量逐步得到加强，具备全面开展海洋生态环境调查监测、进行海洋生态环境监测研究和参与国际合作项目的条件和能力，以适应和满足海洋环境管理工作的需要。