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本站行政上由省环保厅、舟山市政府双重领导，业务上受中国环境监测总站和省环境监测中心站指导。根据工作需要，本站内设九个部门，分别是办公室、综合技术管理室(含质控室、“近岸海网”办公室)、中心分析室、海洋环境监测室、海洋生物监测室、陆域环境监测室、环境影响评价室、行政科和“浙海环监”号监测船。
（一）领导分工
党总支书记、站长 顾央军
主持全面工作
党总支副书记、副站长 邵君波
协助书记、站长处理站日常党政事务。负责站环境监测中心分析、陆域环境监测、重点实验室、环境科研等工作，分管舟山市环境监测站、中心分析室、陆域室，联系舟山市环境保护局工作。
总支委员、副站长 钟亦明
协助书记、站长工作。负责站党务，纪检监察、人事宣教、行政后勤、环境工程、环境影响评价和财务管理等工作，分管办公室、行政科、环评室。
总支委员、副站长 唐静亮
协助书记、站长工作。负责海洋环境监测、监测综合业务、质量管理、仪器设备管理、“近岸海网”“浙海环监”船等工作，分管综合室、海洋室、生物室、“浙海环监”船。
副调研员 朱昌良
协助书记、站长工作。配合分管领导做好党群工作。
党总支委员 洪信女
协助书记、站长工作。配合分管领导处理站纪检监察及综合事务，主持站办公室工作。
党总支委员 方 杰 协助书记、站长工作。配合分管领导处理站群团等工作，主持站中心分析室工作。
（二）处室职能
办公室 (电话:0580-2025873)
1、组织制订本站中长期规划、年度工作计划，制订站规章制度，并检查督促执行情况。
2、协助站领导处理日常事务，负责党务、人事、文秘、信息、财务、保密和离退休人员的管理。
3、负责重要会议的组织和重要事项的督办，负责综合文稿的起草及各类文件的运转和管理。
4、负责图书、综合档案室的管理。
综合技术管理室 (电话: 0580-2034651)
1、协助站领导协调各科室的业务工作，并督促检查落实情况。
2、组织编报各类环境监测报告、环境质量报告书、业务综合和专题报告。
3、负责制定质量保证技术方案，并组织实施和检查，承担监测分析质量保证的技术工作和监测数据的质控审核。
4、负责计算机系统的管理和环境监测数据库的建设和运行。
5、负责外来业务的接洽和对外各类监测报告的发放。
6、开展对舟山市各县（区）环境监测工作的相关业务指导工作。
中心分析室(电话: 0580-2056521)
1、负责浙江省暨舟山渔场近岸海域环境质量监测、舟山市环境质量等常规监测中相关化学要素的分析工作，按要求及时做好监测数据的整理、汇总和上报；
2、参与相关的环境环价、竣工验收、污染仲裁和其它社会服务性监测活动；
3、严格执行有关质量保证技术规范，从分析的各个环节抓好质保工作，确保分析数据的准确性、科学性与可比性；负责组织本室人员参加实验室间比对和能力验证活动；
4、负责本室仪器设备的调试、保管、保养和试剂、易耗品、器皿等的管理与使用；负责本室监测仪器设备的运行检查；
5、承担环境保护方面的课题研究工作，开展持久性毒害污染物特别是是持久性有机污染物、农残和兽残等分析方法技术和环境表征的研究；
6、完成站领导交办的其他工作。
海洋环境监测室 (电话: 0580-2034082)
1、负责近岸海域环境质量监测和重点入海污染源、主要海岸工程的环境影响监测，开展有关专题监测工作。
2、负责全站仪器设备的日常管理，承担大型仪器分析工作。
3、开展海域重大突发性污染事故的现场监测和海洋环境自然灾害的有关调查监测工作。
4、开展海洋环境监测技术、方法研究，参与海洋环境监测科研课题、环评、竣工验收、污染仲裁和其它社会服务性监测活动。
海洋生物监测室 (电话: 0580-2028332)
1、负责近岸海域生物监测和重点入海污染源、主要海岸工程的生物环境影响监测，开展海洋生物资源调查和其它有关专题监测工作。
2、开展重大突发性污染事故的现场生物监测和海洋环境自然灾害的生物调查监测工作。
3、开展生态监测技术、方法和指标体系的研究，参与海洋环境监测科研课题、环评和其它社会性监测服务工作。
陆域环境监测室 (电话: 0580-2026304)
1、负责舟山市重点工业污染源监测、排污收费监测和地表水、环境空气、噪声等环境要素的监测，开展有关专题监测工作。
2、开展重大突发性污染事故的现场监测工作。
3、开展陆域环境监测技术和方法研究，参与环评、“三同时”等环境管理实施过程中的监测服务；
4、配合市局做好为环境管理服务的各项监测工作，协助做好市环境监测网的组织协调和业务活动；负责对各县（区）环境监测站的业务技术指导。
环境影响评价室 (电话: 0580-2021458)
1、负责承接建设项目环境影响评价工作业务，完成环评证书覆盖范围内建设项目环境影响评价任务；
2、开展与相关环评业务单位的业务协作，承接并完成环评协作任务。
行政科 (电话: 0580-2023304)
1、负责后勤保障、安全保卫、环境卫生和接待工作。
2、负责全站办公设施管理，并做好定期维护保养工作。
3、负责对车辆的管理，确保车辆随时处于良好的性能状态。
“浙海环监”船
1、参与承担近岸海域生态环境监测、科研和调查工作。
2、参与有关海洋环境监督管理巡航或海上联合执法。
3、经常对船舶及其设备进行保养和维护，随时保持正常适航待命状态。
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