浙江省舟山海洋生态环境监测站拥有完善的质量保证体系。1996年首次通过了由国家质量技术监督局、国家环境保护总局组织的计量认证评审，2001、2006年顺利通过第一次复评；2005、2008年通过扩项及监督评审。确认了本中心具备向社会提供水(含大气降水)和废水、环境空气和废气、土壤/底质/固体废弃物、噪声、海水、海洋沉积物\生物体、海洋生物、室内空气样品等222个项目326个参数的监测能力。