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实验室目前所使用的监测仪器设备除了基本的常规监测分析仪器外，配置有气相色谱-质谱联用仪、液相色谱-质谱联用仪、原子吸收分光光度计、有机碳分析仪、荧光生物显微镜等大型仪器。本站还拥有一艘专业性海洋生态环境综合考察监测船，船上配有基本的通讯、导航设备和3个海洋环境调查监测实验室。
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